Τετάρτη, 19 Ιανουαρίου, 2022
7.5 C
Athens

Επικράτηση της Όμικρον στην Αττική με 87% δείχνουν τα λύματα

Τα αποτελέσματα ανάλυσης μεταλλαγμένων στελεχών του κορονοϊού σε δείγματα από τα λύματα της Αττικής μέσω νέας μοριακής μεθοδολογίας που αναπτύχτηκε στο ΕΚΠΑ δείχνουν ότι κυρίαρχη είναι πλέον η παραλλαγή Όμικρον με σημαντική πολυμορφία.

Τα αποτελέσματα της ανάλυσης ανέδειξαν την επικράτηση, σε ποσοστό 87% της Όμικρον και την σαφή μείωση της Δέλτα.

Στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ), μέσω της συνεργασίας Ερευνητικών Μονάδων των Τμημάτων Βιολογίας, Ιατρικής και Χημείας, στο πλαίσιο έρευνας με επιστημονικό υπεύθυνο τον Καθηγητή Ανδρέα Σκορίλα και διεπιστημονική ομάδα του ΕΚΠΑ που αποτελείται από τους Νικόλαο Θωμαΐδη, Μαργαρίτη Αυγέρη, Αθηνά Μάρκου, Εύη Λιανίδου, Δημήτριο Γουργιώτη, Θεοδώρα Ψαλτοπούλου, Παναγιώτη Αδαμόπουλο, Μάριο Διαμαντόπουλο, Λάμπρο Δημητρακόπουλο, Κατερίνα Γαλάνη, Μάριο Κωστάκη, Κατερίνα Κοντού, Βασίλη Καπέ, Νικόλαο Βούλγαρη και Θάνο Δημόπουλο (Πρύτανης ΕΚΠΑ) , έχει αναπτυχθεί νέα μοριακή μεθοδολογία ευαίσθητης ανίχνευσης και ποσοτικού προσδιορισμού των μεταλλαγμένων στελεχών/παραλλαγών του SARS-CoV-2 σε δείγματα λυμάτων με χρήση μιας σειράς μοριακών μεθόδων και αλληλούχηση επόμενης γενιάς (Next Generation Sequencing/NGS).

Η συγκεκριμένη υπερευαίσθητη μεθοδολογία είναι ιδιαίτερα σημαντική διότι δείχνει την παρουσία και την εκατοστιαία αναλογία των μεταλλαγμένων στελεχών στο σύνολο του πληθυσμού μιας πόλης. Επιπλέον, ανιχνεύει έγκαιρα, ακόμη και από 50ml λύματος ή οποιουδήποτε περιβαλλοντικού δείγματος, νέες μεταλλάξεις και στελέχη/παραλλαγές που μόλις άρχισαν να εισέρχονται στον πληθυσμό.

Με τον τρόπο αυτό γίνεται με μεγαλύτερη ευκολία και αξιοπιστία η γονιδιωματική επιτήρηση των νέων στελεχών/παραλλαγών του SARS-CoV-2, καθώς και άλλων ιών ή βακτηρίων, δίνοντας την αναγκαία πληροφόρηση για την επιδημιολογική επιτήρηση καθώς και τον ανασχεδιασμό των νέων εμβολίων και  φαρμακευτικών πρωτοκόλλων. Το σχετικό άρθρο δημοσιεύτηκε στο έγκριτο διεθνές επιστημονικό περιοδικό “International Journal of Molecular Sciences”, ενώ έχει κατατεθεί από το ΕΚΠΑ αίτηση για χορήγηση Εθνικού και Διεθνών Διπλωμάτων Ευρεσιτεχνίας.

Η μεθοδολογία πληροί τις προϋποθέσεις τής από 15-3-2021 σχετικής σύστασης της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για την κοινή προσέγγιση κατά τη δημιουργία συστηματικής επιτήρησης του SARS-CoV-2 και των παραλλαγών του στα λύματα. Επιπροσθέτως, ανιχνεύει εγκαίρως νέα στελέχη/παραλλαγές που αρχίζουν να εισέρχονται στην κοινότητα.

Με την εφαρμογή της νέας μεθοδολογίας έχει ολοκληρωθεί η ανάλυση μεταλλαγμένων στελεχών του SARS-CoV-2 σε δείγματα λυμάτων της Περιφερειακής Ενότητας Αττικής, που συλλέχθηκαν σε καθημερινή βάση κατά το διάστημα 27-12/2021 έως 1-1-2022 από το Κέντρο Επεξεργασίας Λυμάτων της Ψυττάλειας (ΚΕΛΨ). Τα συγκεκριμένα δείγματα υπεβλήθησαν σε έλεγχο ειδικών μεταλλάξεων – γενετικών δεικτών (genetic markers) ολόκληρου του γονιδίου S (Spike) (>100 γενετικοί δείκτες) για τις παραλλαγές ειδικού ενδιαφέροντος (Variants οf Concern – VOC) και τις παραλλαγές υπό διερεύνηση (Variants οf Interest – VOI).

λύματα κορονοϊός ΙΝΤΙΜΕ

Τα αποτελέσματα της ανάλυσης ανέδειξαν την επικράτηση, σε ποσοστό 87% με σημαντική πολυμορφία, της παραλλαγής Όμικρον (B.1.1.529 lineage) και την ταυτόχρονη σημαντική μείωση των αντίστοιχων γενετικών δεικτών του στελέχους Delta (B.1.617.2 lineage).

Πιο συγκεκριμένα, διαπιστώθηκε η παρουσία ειδικών μεταλλάξεων (genetic markers) του γονιδίου S (Spike) της παραλλαγής Omicron (B.1.1.529 lineage):

– στο τμήμα “receptor-binding domain/RBD” σε ποσοστό 87% (γενετικοί δείκτες: G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S)

– στο τμήμα “receptor-binding motif/RBM” σε ποσοστό 29% (γενετικοί δείκτες: S477N, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H)

– εκτός των RBD/RBM τμημάτων  σε ποσοστό 45% (γενετικοί δείκτες: T547K, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F)

Ταυτόχρονα διαπιστώθηκε, για πρώτη φορά, η παρουσία δύο στελεχών της παραλλαγής Omicron, τα οποία φέρουν (συγχαρτογραφούνται) επιπλέον μεταλλάξεις, και συγκεκριμένα:

– η μετάλλαξη R346K (B.1.1.529+R346K), σε ποσοστό 27%, η οποία έχει αναφερθεί στην παραλλαγή Mu (B1.621)

– η μετάλλαξη A701V (B.1.1.529+A701V), σε ποσοστό 5%, η οποία έχει αναφερθεί στην παραλλαγή Beta (B1.351)

Με βάση τα ανώτερα αποτελέσματα διαπιστώνεται η επικράτηση της παραλλαγής Όμικρον στην Αττική (σε ποσοστό 87% από <40% πριν από 2 εβδομάδες) καθώς και η αντίστοιχη μείωση της παραλλαγής Δέλτα.

Ταυτόχρονα, η αλληλούχηση του γονιδιώματος του ιού αναδεικνύει σημαντική μεταβλητότητα της ποσοστιαίας αναλογίας ειδικών μεταλλάξεων του γονιδίου S, που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη Spike, υπογραμμίζοντας τη διαφορετική σημασία και βαρύτητα αυτών στη συμπεριφορά του ιού, καθώς και στον αξιόπιστο και ειδικό προσδιορισμό του.

Η ανάλυση των δεδομένων της αλληλούχησης επόμενης γενιάς με την παραπάνω μέθοδο δείχνει επιπλέον ότι εκτός της μεταβλητότητας υπάρχουν και αρκετοί συνδυασμοί των διαφορετικών μεταλλάξεων του ιού, που πιθανόν να επικρατούν κάθε φορά με διαφορετική κλινική συμπεριφορά, γεγονός που απαιτεί επαγρύπνηση και πιστή εφαρμογή των μέτρων προστασίας.

Τα πιο πρόσφατα στη κατηγορία

Βιασμός στη Θεσσαλονίκη: Αν τη νάρκωσαν θα φάνε ισόβια

Ραγδαίες είναι οι εξελίξεις με την υπόθεση του ομαδικού βιασμού της 24χρονης κοπέλας στη Θεσσαλονίκη. Το πανελλήνιο παρακολουθεί με κομμένη την ανάσα τις εξελίξεις...

Λύματα: Στα ύψη το ιικό φορτίο σε Κρήτη και Πάτρα

Μεγάλη αύξηση στο ιικό φορτίο στο Ρέθυμνο της Κρήτης και στην Πάτρα, καταγράφονται την εβδομάδα από 10 έως 16 Ιανουαρίου. Σύμφωνα με στοιχεία του ΕΟΔΥ ...
ΔΕΙΤΕ τα νέα μέτρα για Αττική και Θεσσαλονίκη

Κορωνοϊός: 23.340 νέα κρούσματα και 106 θάνατοι – Στους 673 οι διασωληνωμένοι

23.340 νέα κρούσματα και 106 θάνατοι – Στους 673 οι διασωληνωμένοι Τα νέα εργαστηριακά επιβεβαιωμένα κρούσματα της νόσου που καταγράφηκαν τις τελευταίες 24 ώρες είναι...
Δήμος Αθηναίων: rapid test για covid-19 σε συνεργασία με τον ΕΟΔΥ σε Κυψέλη και Σεπόλια

ΕΟΔΥ: Σε 157 σημεία, δωρεάν τεστ για τον κορωνοϊό αύριο 19/01

Σε 157 σημεία της χώρας θα βρίσκονται αύριο Τετάρτη 19 Ιανουαρίου, Κινητές Ομάδες Υγείας, του ΕΟΔΥ και θα πραγματοποιούν δωρεάν ελέγχους για τον κορωνοϊό. Η έκδοση...

Καιρός: Επιδείνωση από την Παρασκευή – Aεροχείμαρρος από τον Β. Ατλαντικό

Η μικρή βελτίωση των τελευταίων ωρών με κύριο χαρακτηριστικό την άνοδο της θερμοκρασίας έως και 6 βαθμούς Κελσίου, θα διακοπεί και πάλι από το...

Τραγωδία στην Ηλεία: 32χρονος απαγχονίστηκε από ερωτική απογοήτευση

Τραγικό θάνατο βρήκε ένας 32χρονος στην Ηλεία, ο οποίος εντοπίστηκε απαγχονισμένος σε δέντρο το απόγευμα της Δευτέρας (17/1). Σύμφωνα με το patrisnews, ο άτυχος άνδρας...

Βρείτε μας

7,826ΥποστηρικτέςΚάντε Like
133ΑκόλουθοιΑκολουθήστε
992ΑκόλουθοιΑκολουθήστε

Λαϊκό Θέατρο Σκιών

Τα νέα και τα βίντεο του Καραγκιόζη

Διαβάστε Επίσης

Μετάλλαξη Όμικρον: 5+1 λόγοι για τους οποίους δεν πρέπει να κολλήσετε – Αποκαλυπτική έρευνα

Η μετάλλαξη Όμικρον συνεχίζει να εξαπλώνεται με τα κρούσματα του κορωνοϊού να σπάνε καθημερινά...

Λύματα: Aύξηση ιικού φορτίου σε πόλεις της Κρήτης και της Θράκης – Σε άνοδο Αττική και Θεσσαλονίκη

Σημαντική αύξηση στο ιικό φορτίο στα λύματα του Ρεθύμνου, των Χανίων, της Ξάνθης και...

Κακοκαιρία: Αλλάζει εντελώς το σκηνικό του καιρού – Χιόνια μέχρι και στην Αττική

Έρχονται πυκνές χιονοπτώσεις στα ορεινά και σημαντική πτώση της θερμοκρασίας την προσεχή εβδομάδα, σύμφωνα...

Κορωνοϊός – Έρευνα: Δεν θα χρειαστεί εμβόλιο για την Όμικρον – Επιστροφή στην κανονικότητα τον Μάρτιο

Θετικά μηνύματα για την εξέλιξη της πανδημίας έρχονται από τις ΗΠΑ, καθώς σύμφωνα με...

Ο ιστοχώρος χρησιμοποιεί cookies για τη βελτιστοποίηση της εμπειρίας του χρήστη. Με τη χρήση αυτού του ιστοχώρου, αποδέχεστε τη χρήση των cookies.Αποδοχή