Την 3η Απριλίου 1821 έφτασε στην Κωνσταντινούπολη ταχυδρόμος από την Αθήνα μεταφέροντας τα νέα της Επανάστασης στην Πελοπόννησο.
Η ατμόσφαιρα ήταν ήδη ηλεκτρισμένη. Η έναρξη των εχθροπραξιών στη Μολδοβλαχία είχε ήδη ερεθίσει την Υψηλή Πύλη.
Ο σουλτάνος, μόλις έμαθε τα νέα, προχώρησε σε μια σειρά αποκεφαλισμών και απαγχονισμών Ελλήνων Φαναριωτών θεωρώντας ότι εξετέλεσαν πλημμελώς τα καθήκοντά τους.
Ήταν η ώρα να μπει στο στόχαστρο της εξουσίας ο Οικουμενικός Πατριάρχης ως Μιλλέτ Μπασί (ανώτατος θρησκευτικός αξιωματούχος του κράτους και υπεύθυνος για την τήρηση της τάξης στο χριστιανικό ποίμνιο).
Το απόγευμα της 9ης Απριλίου, Μεγάλο Σάββατο, εμφανίστηκαν στη συνοικία του Φαναρίου πέντε χιλιάδες οπλισμένοι γενίτσαροι.
Η ακολουθία της Αναστάσεως ετελείτο κανονικά, χωρίς ενόχληση από τους περιφερόμενους γενίτσαρους, ενώ οι πιστοί προσήλθαν στην εκκλησία του Πατριαρχείου.
Το ξημέρωμα της επομένης εμφανίστηκε στο πατριαρχείο ο Σταυράκης Αριστάρχης που μόλις είχε διαδεχτεί τον αποκεφαλισθέντα Μεγάλο Διερμηνέα Μουρούζη.
Εκλήθησαν οι Αρχιερείς και παρουσία τους, ο Τούρκος γραμματέας του Ρεήζ Εφέντη (Υπουργού Εξωτερικών) διάβασε το κάτωθι φιρμάνι: «Ο Γρηγόριος εφάνη ανάξιος του Πατριαρχικού Θρόνου, αχάριστος και άπιστος προς την Πύλην και ραδιούργος γίνεται έκπτωτος της θέσεώς του».*
Η έκπτωση από το αξίωμα έγινε για να νομιμοποιηθεί ο απαγχονισμός του, καθώς ήταν ατιμωτικός θάνατος και δεν προβλεπόταν για υψηλό αξιωματούχο της Πύλης.
«Οδεύοντες εκείθεν έφτασαν εις τα Πατριαρχεία. Εκεί ο δήμιος τον εκρέμασε προσευχόμενον από του ανωφλίου της μεγάλης πύλης μετά τη μεσημβρίαν της Κυριακής του Πάσχα».**
Πηγές: *Τρικούπη. Σ., «ΙΣΤΟΡΙΑ ΤΗΣ ΕΛΛΗΝΙΚΗΣ ΕΠΑΝΑΣΤΑΣΕΩΣ» τόμος 1ος (Λονδίνο έκδοσις δευτέρα), σελ.81
**Τρικούπη. Σ., «ΙΣΤΟΡΙΑ ΤΗΣ ΕΛΛΗΝΙΚΗΣ ΕΠΑΝΑΣΤΑΣΕΩΣ» τόμος 1ος (Λονδίνο έκδοσις δευτέρα, )σελ. 82