Ασφαλώς το σημερινό της όνομα η περιοχή το οφείλει σε μια μονή. Και συγκεκριμένα, στο ναό της Παναγιάς της Παντάνασσας, έναν από τους παλαιότερους και πιο άγνωστους ναούς της πόλης, που βρίσκεται στη συμβολή των οδών Αθηνάς και Ερμού, πάνω στην πλατεία.
Χτίστηκε τον 10ο αιώνα, στη μεταβυζαντινή εποχή αποκαλούταν Μεγάλο Μοναστήρι και λειτουργούσε ως γυναικεία μονή, ενώ μετά την Επανάσταση, σύμφωνα με το Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών, το όνομα εξέπεσε σε Μικρομονάστηρο ή Μοναστηράκι, όπως αποκαλούμε σήμερα ολόκληρη την περιοχή.
Όσο για το παλιό τζαμί της πλατείας, που σήμερα στεγάζει το Μουσείο Ελληνικής Λαϊκής Τέχνης, ονομάζεται Τζαμί Τζισταράκη, από τον βοεβόδα που το κατασκεύασε και ακολουθείται από θρύλους: Το 1759, ο Τζισταράκης λέγεται ότι χρησιμοποίησε κίονες από το Ναό του Ολυμπίου Διός (ή από την βιβλιοθήκη του Αδριανού) για να θεμελιώσει το τζαμί, κάτι που θεωρήθηκε ιεροσυλία, και πράξη υπεύθυνη για την κατάρα της πανούκλας που έφτασε την επόμενη χρονιά στην Αθήνα.
