Η σχέση της οικογένειας του Ιωάννη Καποδίστρια με την εκκλησία υπήρξε στενή. Ο Κυβερνήτης συμβουλευόταν τον ηγούμενο της μονής Πλατυτέρας, Συμεών και είχε κάνει σημαντικές δωρεές σ’ αυτήν.
Επίτροπος του Αγίου Νικολάου ντε Βέκια υπήρξε για ένα διάστημα ο πατέρας του Κυβερνήτη.
Στη μονή του Αγίου Λουκά στα Γουβιά έχουν θαφτεί οι δίδυμες αδερφές του Ιωάννη Καποδίστρια. Εκεί μόνασε μια από τις δύο αδερφές του. Όταν έγιναν καλόγριες η μια πήρε το όνομα «Ευφροσύνη» και αποσύρθηκε στη μονή της Υπεραγίας Θεοτόκου Λαμποβίτισσας ενώ η άλλη με το όνομα «Ευφημία» έμεινε στη μονή του Αγίου Λουκά.
Αρχικά, και οι δυο αδερφές είχαν το όνομα «Κατερίνα». Σε ανασκαφές που έγιναν οι δύο αδερφές βρέθηκαν θαμμένες κάτω από τις πλάκες σε μολυβένια κουβούκλια καθιστές. Η κατασκευή της μονής χρονολογείται από τα τέλη του 16ου αιώνα έως τις αρχές του 17ου. Σύμφωνα με την Αγγελική Πέτα, ήταν «κτητορική Μονή της οικογένειας Καποδίστρια και λειτουργούσε ως γυναικείο ησυχαστήριο». Στις μέρες μας η μονή έχει υποστεί μεγάλες φθορές στο εξωτερικό και στο εσωτερικό του κτιρίου. Ωστόσο, διατηρείται χάρη στη φροντίδα του κόσμου της τοπικής εκκλησιαστικής ενορίας και της οικογένειας της κ. Πέτα. Μια Κυριακή το μήνα τελείται Θεία Λειτουργία. Επίσης, η μονή ανοίγει και γεμίζει κόσμο παραμονή και ανήμερα της γιορτής του Αγίου Λουκά.
Αξίζει να αναφερθεί ότι στη γιορτή αυτή ότι τα τελευταία τρία χρόνια έχει αναβιώσει ένα παλιό έθιμο. Πρόκειται για το έθιμο της «κρεατόσουπας». Σύμφωνα με το έθιμο, οι γυναίκες μαγειρεύουν παραμονή της εορτής κρεατόσουπα μόνο από μοσχάρι και τη μοιράζουν στους παρευρισκόμενους στο προαύλιο της μονής ανήμερα της εορτής. Πιθανόν το έθιμο να ξεκίνησε από τους εργάτες της οικογένειας Καποδίστρια όταν εργάζονταν στα κτήματα της Δεσύλλα, του γένους Καποδίστρια. Αυτοί μεγάλωναν ένα μοσχάρι και πριν τη γιορτή το έδιναν στις μοναχές για να ετοιμάσουν τη μοσχαρόσουπα και να τη μοιράσουν στους πιστούς μετά το πέρας της Θείας Λειτουργίας.
