Ήταν κόρη του Αιήτη, βασιλιά της Κολχίδας. Έμαθε την μαγεία από την Κίρκη.
Ερωτεύτηκε τον Ιάσονα και τον βοήθησε με τα μαγικά της να πάρει το χρυσόμαλλο δέρας. Έφυγαν μαζί αλλά τους καταδίωξε ο πατέρας της.
Για να τον καθυστερήσει, τεμάχισε τον αδελφό της, και σκόρπισε στη θάλασσα τα μέλη του. Έτσι, ο πατέρας της, εγκατέλειψε την καταδίωξη για να περισυλλέξει τα μελη του παιδιού του.
Στην Ιωλκό, έπεισε τις κόρες του Πελία να τεμαχίσουν το σώμα του πατέρα τους και να το βράσουν, γιατί έτσι δήθεν θα τον έκαναν πάλι νέο. Ο γιός του Πελία καταδίωξε το ζεύγος κι έτσι κατέφυγαν στην Κόρινθο, όπου έζησαν για ένα διάστημα ευτυχισμένοι.
Αργότερα ο Ιάσονας εγκατέλειψε τη Μήδεια για να μνηστευθεί την Γλαύκη, κόρη του βασιλιά Κρέοντα.
Η Μήδεια για να εκδικηθεί την αντίζηλο της, έστειλε, ως δώρο για τον γάμο, δηλητηριασμένο χιτώνα και την έκαψε. Η εκδίκησή της όμως δε σταμάτησε εδώ, αλλά έφτασε στο πιο αποτρόπαιο έγκλημα: Για να εκδικηθεί τον Ιάσονα, έσφαξε τα παιδιά τους, Φέρητα και Μέρμερο. Μετά, με άρμα που το έσερναν φτερωτοί δράκοντες έφτασε στην Αθήνα, όπου ενώθηκε με τον Αιγέα, και απέκτησε το Μήδο.
Προσπάθησε όμως να δηλητηριάσει το Θησέα κι έτσι ο Αιγέας την έδιωξε. Εκείνη κατέφυγε στο γιο της, Μήδο, στην Ασία, στη χώρα που ονομάστηκε Μηδία. Προς το τέλος της ζωής της κατέβηκε στα Ηλύσια Πεδία, όπου και έγινε σύζυγος του Αχιλλέα, παραμένοντας αθάνατη.
(Βέβαια, ως συνήθως υπάρχουν διάφορες εκδοχές του μύθου.)