Στη Δήλο, σύμφωνα με τη μυθολογία, γεννήθηκε ο Απόλλωνας.
Η Λητώ, κυνηγημένη από την Ήρα, επειδή ενώθηκε με τον Δία, βρήκε εκεί τόπο ασφαλή που την καλοδέχτηκε να γεννήση. Όταν έφερε στον κόσμο τον λαμπρό Απόλλωνα, το νησί λούστηκε από το χρυσό φως της ιερότητας του.
Αλλά δεν είναι αυτή η απάντηση στο γιατί η Δήλος δεν κατοικείται, δηλαδή, λόγω του ότι το νησί είναι ιερό.
Αργότερα, με τα χρόνια και τους αιώνες, κυρίαρχο ρόλο στην εξέλιξη του νησιού έπαιξε το ενδιαφέρον των Αθηναίων, ήδη από την αρχαϊκή περίοδο. Στο τέλος των Περσικών πολέμων, το 478 π.Χ., οπότε και ιδρύθηκε η λεγόμενη Δηλιακή Συμμαχία, την πρωτοκαθεδρία είχε η Αθήνα, η οποία επηρεασμένη από τις καταστροφές και τους θανάτους που άφησαν πίσω τους οι πόλεμοι προχώρησαν στον εξαγνισμό του νησιού.
Παράλληλα αποφάσισαν να μη γεννιέται και να μην πεθαίνει κανείς εκεί. Μάλιστα, για να γίνει η λεγόμενη κάθαρση, πέρασαν σε εκταφές. Άνοιξαν όλους τους τάφους που υπήρχαν οπουδήποτε στο νησί και μετέφεραν τις σωρούς στη Ρήνεια, ένα κοντινό νησάκι. Εκεί μεταφέρθηκαν, επίσης, όσες γυναίκες ήταν σε ενδιαφέρουσα και όσοι κάτοικοι ήταν ετοιμοθάνατοι, μέχρι που το 422 π.Χ. εξόρισαν όσους είχαν απομείνει. Αν και άδειασε από κόσμο το νησί, ούτε αυτή είναι η απάντηση στο γιατί η Δήλος δεν κατοικείται, αφού μερικές δεκαετίες αργότερα ξαναγέμισε με πληθυσμό.
Μετά το τέλος του Πελοποννησιακού πολέμου, η Δήλος έγινε ξανά κέντρο ενδιαφέροντος. Ειδικότερα, μετά την ανεξαρτησία της από τους Μακεδόνες με βασιλιά τον Αντίγονο Γονατά, το νησί εξελίχθηκε σε σημείο που όταν πέρασε στον έλεγχο της Ρώμης, οι Ρωμαίοι την ανακήρυξαν ελεύθερο λιμάνι. Οι κάτοικοι τότε αριθμούσαν γύρω στους 30.000, σύμφωνα με εκτιμήσεις.
Στο πέρασμα των χρόνων, η Δήλος δέχτηκε πολλές επιδρομές, λεηλασίες και καταστροφές με αποτέλεσμα να ερημώσει τελείως, μέχρι περίπου το 1873 οπότε την έφερε στο προσκήνιο η αρχαιολογική σκαπάνη. Περισσότερο από 100 χρόνια μετά, το 1990, η Δήλος ανακηρύχθηκε ως Μνημείο Παγκόσμιας Κληρονομιάς από την UNESCO. Αυτή είναι η απάντηση στο γιατί η Δήλος δεν κατοικείται.
Σύμφωνα, όμως, με άλλες απόψεις που κατά τους σκεπτικιστές και καχύποπτους ανήκουν στη σφαίρα της νεομυθολογίας ή της φαντασίας, ο πραγματικός λόγος που στη σύγχρονη εποχή μας η Δήλος δεν κατοικείται, δεν είναι ότι ολόκληρο το νησί έχει μεταβληθεί σε ένα απέραντο αρχαιολογικό χώρο και μουσείο. Φήμες ή/και θρύλοι αξιώνουν ότι αν βρεθείς νύχτα στο νησί, συμβαίνουν διάφορα περίεργα πράγματα. Ότι εκεί συμβαίνουν κάποια υπερφυσικά ή/και μεταφυσικά φαινόμενα που δεν είναι κατανοητά από την επιστήμη και ότι όσοι τα είδαν τρελάθηκαν. Πολλές τέτοιες ιστορίες κυκλοφορούν.
